肺炎衣原体感染是否能自愈，决定于患者自身的状态。健康人群的肺炎衣原体肺炎一般很少需要住院治疗，但完全恢复时间长，即使在选择有效抗生素治疗情况下，咳嗽和全身不适在其他症状缓解后仍然可以持续一段时间。

　　如果患者的身体状况好，抵抗力强是可以自愈的。但老年患者和有慢性疾病的患者，肺炎衣原体肺炎的临床表现可能较为严重，少数甚至有生命危险，是需要积极治疗。