巧克力囊肿是不太好治的，是子宫内膜异位症中的一种，是子宫内膜异位到卵巢，从而形成了巧克力囊肿的情况。需要手术治疗以后再用相关药物，还很容易复发，所以不太好治。

　　也有可能会导致不孕不育的情况，属于疑难杂症当中的一种。女性朋友要积极配合治疗，如果出现什么情况，及时到医院进行相关检查。