先天性巨结肠是一种比较严重的先天性疾病，绝大多数患儿需要手术治疗，否则容易出现肠梗阻、腹膜炎、小肠结肠炎、全身抵抗力下降、容易感染等并发症，也可伴有贫血、营养不良等全身症状。

　　先天性巨结肠的治疗是比较复杂的，其治疗是一个长期、综合性的治疗过程。手术方法有多种，但没有一种是十全十美的，术后并发症比较多，术后的管理比较复杂。

　　先天性巨结肠的治疗效果取决于以下两方面，第一，在小儿年龄越小的时候，治疗效果会越好。年龄大则相反。第二，先天性巨结肠的预后取决于狭窄肠管的长短，狭窄的肠管短的治疗愈后比较好；狭窄的肠管偏长，手术治疗后的预后也是比较差的。