治疗脑血栓的特效药是溶栓药，常用的有阿替普酶和尿激酶，主要是用于超早期的患者，比如发病时间在6小时之内，如果患者有适应症、无禁忌症时，可以应用。另外也包括抗血小板聚集的药物，比如阿司匹林和氯比格雷。

　　如果考虑是心源性的脑栓塞，也可以应用抗凝药常用的药有肝素、低分子肝素和华法林，另外还包括神经保护以及改善血液循环的药物，主要有依达拉奉，脑蛋白水解物、奥拉西坦和比拉西坦，以及舒血宁、维脑路通和川芎嗪等等。