小脑扁桃体下疝的手术目前包括局部减压术，对于枕大孔区骨质发育异常，造成小脑扁桃体压迫，导致脊髓空洞，甚至造成脑积水等症状，选择做骨性减压，手术风险也不会太大。

　　小脑扁桃体下疝的解剖关系不清或有血管发育异常等因素，也可造成椎动脉损伤、延髓损伤、上颈段损伤等临床症状，这种情况下会存在一定的手术风险。