肛瘘一般不能自愈，影响自愈的原因主要是肛瘘外口愈合比较快，形成假性愈合，内口肠内的污染物仍不断地进入到瘘管当中，继续感染，使局部形成纤维化管壁。如果管道弯曲狭窄，就会造成引流不畅。感染就会沿着括约肌间隙蔓延，使局部成为感染灶。当患者免疫功能下降或局部细菌大量繁殖，也就是抗感染和感染平衡被打破以后，则可能再次形成脓肿。

　　所以肛瘘患者如果没有外界干预，包括手术或者其它治疗方式，一般不能自愈。