首先新生儿女性在胚胎发育的过程当中，如果本身基因自带了疾病，在出生的过程当中这些基因就有可能会引起先天性的生殖器畸形，比较常见的像先天性无阴道、阴道闭锁等，或者是处女膜闭锁，都是比较常见的女性生殖器畸形。

　　还有另外一大类原因是母体在孕期的时候受到了高水平的雄激素的刺激，而且是长期的雄激素刺激，会导致女性外阴定型的过程当中发生男性化倾向，正常本来应该是女孩的个体，结果在胚胎外生殖器成型的过程当中受到了雄激素的干扰，最终外阴发育得像男性，所以生出来的孩子看起来好像是男性的外观，阴蒂比较大，而阴囊两个大阴唇融合，形成于类似于阴囊的组织，但是阴囊内又没有睾丸，这种情况一般都是激素水平紊乱导致的。