慢性扁桃体炎通常与患者扁桃体隐窝内长期的细菌潴留及急性扁桃体炎没有完治愈所导致。此种情况，如果慢性扁桃体炎反复发作，最佳的治疗方式是在局麻或者全麻下行扁桃体的摘除手术，而用药通常是口服阿莫西林，头孢氨苄片或者罗红霉素等效果较好，但治愈后扁桃体炎会常反复发作，所以对于慢性扁桃体炎来讲，除了用药之外，手术是最佳的治疗方案。