大部分儿童手足口病都是普通型病例，也是通俗轻型或者中型手足口病，预后都比较好，不会有很严重神经系统，还有呼吸系统并发症,，也不会产生严重致命并发症，所以不会有明显后遗症。

　　相反重症病例手足口病，比如脑炎或者脑膜脑炎，出现神经源性肺水肿等，就有可能出现后遗症，包括脑炎，以及呼吸系统后遗症，如肺扩张等。