肝内胆管结石可以通过退热、止疼以及排石的药物对症进行治疗，但是只能控制症状，目前临床上还是以外科手术治疗方式为主，将肝内胆管结石病灶去除，结石取出，同时还需要矫正胆管狭窄，帮助胆道通常引流，但是手术以后非常容易复发和残留，经常需要多次手术。

　　对于反复发作或者无法耐受手术的患者，还可以经皮经胆管镜的方式，取出患者肝内胆管结石。

　　肝内胆管结石是所有胆结石中最复杂，也是治疗效果最差的一类胆结石，第一、肝内胆管结石经常会有弥漫性、合并肝脏性疾病。第二、在治疗上，很多通过现有的检查和诊断治疗的手段，很难深入到肝内胆管结石病变部位，继而将病变解除。