肛瘘一般不会引起疼痛症状，但会出现自然破溃、流脓等症状。当外口封闭，导致瘘管引流不畅时，患者局部会出现肿块，并伴随疼痛症状。

　　由于肛瘘部位出现分泌物反复流出的症状，会对肛门周围的皮肤造成刺激，致使局部皮肤潮湿，并出现湿疹样改变。患者在走路走多了以后，会出现肛门瘙痒的症状。

　　有的患者会出现全身症状，这属于比较严重的情况。肛瘘患者病情反复发作，致使肛瘘外口被增生皮肤覆盖，形成假性愈合。这种假性愈合会突起于皮肤表面，并造成肛道内部脓肿，致使感染性物质流不出去，会造成全身发热并出现寒颤、乏力的症状。