典型的肛瘘是一根通畅完整的管道，一头在肛管内，一头在肛缘外。不典型的肛瘘一般只有内口而没有外口或既有内口又有外口，但中间瘘管发生闭塞。也有的肛瘘只有外口，没有内口或者只有一个硬结。

　　目前临床最常用的肛瘘分类方法，是将肛瘘分为高位肛瘘和低位肛瘘。肛门外括约肌的深部是高低位肛瘘分界线，低位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以下，高位肛瘘瘘管位于外括约肌深部以上。