胚胎早期，胎儿的肛门和直肠没有分开，直肠和膀胱又连通在一起，共同形成泄殖腔。当胚胎发育到第七周时，中层胚胎向下生长，将直肠和尿生殖道分开，直肠向会阴部分发展，尿生殖道形成的膀胱，尿道或者阴道到第九周开始，直肠向下延伸，穿通骨盆膜和肛门膜，与原始的肛门相连通，形成了直肠肛门。

　　在这个时期，因为某些原因，骨盆膜或是肛门隔膜不能被直肠穿通，形成了先天性的肛门闭锁。这样的婴幼儿没有肛门，通常称为锁肛。