临床上扁平疣的治疗有中医内调和外敷。内调会根据患者的体质配合清热解毒、抗病毒或者清热利湿的中药，同时还可以配合洗疣、消疣的洗剂，还有涂抹的中药治疗。

　　外洗首先用中药熏洗，拿着纱布沾着中药药渍在扁平疣的疣体上擦洗，一般擦红即可。用中药擦洗的同时，水温慢慢下降到40度左右时，用纱布把汤汁湿敷在面部扁平疣或者手背的扁平疣位置，如果是手指四肢的末端可以用中药去泡洗，一般是用43度左右的热水。

　　中药泡洗完之后，部分疣体会凸起，脚部的疣体可以去修剪，身上的可以外用药膏。

　　扁平疣变平后一定要正常的使用保湿防晒的护肤品，如果防晒做的好，色沉会很快的恢复；如果不注意防晒，会有一定的色沉期，出现淡淡的印子，此时需要再配合淡化色沉的药外敷。