由于在肝脏内部除了肝细胞之外,肝脏汇管区内还有肝内胆管结构。所以在肝脏内部也可以发生胆管细胞癌,这种类型的胆管细胞癌和肝外发生的胆管癌在组织形态学上非常的相近,但是由于发生于肝脏的内部,因此又称之为肝内的胆管细胞癌。
除了单纯肝细胞肝癌和肝内胆管细胞癌之外,还可以看到肝细胞肝癌和肝内胆管细胞癌混合性的肿瘤,除了肝细胞的腺癌,在肝脏当中还能看到神经内分泌的肿瘤,肝脏的神经内分泌的肿瘤和消化道其他的神经内分泌肿瘤,在组织形态学上有相似性,分类标准也基本相似。