任何手术都避免不了出现并发症，所以室间隔缺损的并发症和所有手术的并发症一样，比如伤口感染、伤口出血、延迟愈合等，但是室间隔缺损所特有的并发症包括残漏、引发细菌性心内膜炎、栓塞、三度房室传导阻滞等。如果室间隔缺损的位置正好是传导所经过的地方，有时因为水肿、牵拉、传导不通，就会出现传导阻滞，所以这时需要安装起搏器治疗。