眼部扁平疣的治疗方法较多：第一、物理方法去除。发生在眼周的扁平疣，需要慎重考虑激光、冷冻、微波等处理方式。

　　第二、使用外用药物。患者可以使用5-氟尿嘧啶软膏治疗，也可以使用注射液代替。

　　三、中药治疗。比如板蓝根、苍耳子、地肤子、黄柏洗剂都具有抑制病毒的作用。第四、维甲酸类药物。对于顽固型的扁平疣，可以考虑选择维甲酸类药物治疗。