肩胛骨疼痛做CT还是核磁需要根据肩膀疼痛原因来做决定，需要向医生说明情况，在医生指导下明确具体检查项目，才能起到明确诊断作用。

CT检查和核磁共振检查都属于影像学检查，能观察关节部位状况，建议明确诊断后针对病因来做治疗。

肩胛骨疼痛如果是由于外力作用引起，这时候需要到医院做骨关节部位CT检查，主要是为了排除骨折。如果排除是外力原因引起，怀疑是肩关节周围软组织粘连原因影响关节活动，要到医院做肩关节部位核磁共振检查，才能达到明确诊断的目的。