肾胚胎瘤手术常见的并发症包括肠梗阻、坏死、出血及术后感染。对于正处于生长发育期的儿童，放疗相关的并发症如放射性肾炎、放射性脊神经根的损害、生长发育迟缓、性腺损害、不育等，成为影响长期生存患儿生活质量的最大原因，很大程度上限制了放射疗法的应用。儿童肾母细胞瘤的放疗仅限于危险程度较高的三期以上的患儿。近年来各种新型的放疗技术如三维适行放疗、调强放疗、射波刀、质子放疗技术等的应用越来越普遍，提高了单次照射剂量以缩短疗程，减少了因放射副作用影响疗效的情况的发生。