两者均属于肛周感染性疾病，两者治疗在非手术治疗方法上基本上是一致的，主要是通过改善饮食、保持大便通畅、配合坐浴熏洗及局部用药等方法处理。唯一的区别就在于两者手术方式不一样，肛乳头炎如果进行手术，主要是由于肛乳头炎症刺激肛乳头肥大而脱出于肛门外，治疗上主要采用肥大肛乳头结扎术。而对于肛隐窝炎其手术方法为肛窦切开引流术。