新生儿脑水肿其严重后果主要是会导致颅内压增高症状及相应神经功能受损的症状，所以在治疗上首先必须得针对引起脑水肿的病因进行治疗。比如是由于机体缺氧、还是颅内出血、颅内肿瘤等引起的脑水肿。

其次，可以采用相关脱水的药物进行治疗，比如呋塞米、甘露醇、乙酰唑胺等。当药物治疗无效时，就需要考虑进行手术治疗，同时针对存在的神经功能障碍，需要早期介入康复治疗。