对于溶血尿毒综合症的治疗方法主要包括消除病因和诱因、糖皮质激素治疗、肾功能的替代治疗、血浆置换治疗以及抗血小板聚集药物治疗等。对于典型的溶血尿毒综合征的患者，应每日密切监测和维持水、电解质和酸碱的平衡，避免或谨慎使用血管紧张素转换酶抑制剂。避免使用肾毒性较大的药物。脑血管并发症是溶血尿毒综合征患者死亡的主要原因，约10%的儿童患者会出现充血性心力衰竭。发生率明显高于成年人。

而对于快速出现的重度贫血，如血红蛋白水平低于60g/L的患者常常需要输血治疗。血小板减少一般不输血小板治疗，贫血一般不需补充铁剂治疗。而血浆置换应该在出现上述症状24小时内进行，治疗延迟常导致疗效欠佳。