圆锥角膜需要和以下疾病进行鉴别，包括透明角膜边缘变性、球形角膜、边缘性角膜变性等等。透明角膜边缘变性，表现为角膜下方距角膜缘2毫米的宽1到2毫米的角膜变薄区，变薄区角膜透明，变薄区内测的角膜向外扩张，没有圆锥角膜的特异性体征，球行角膜，通常出生即存在，双眼对称发病，表现为整个角膜变薄扩张呈球形。边缘性角膜变性，表现为角膜边缘部基质变薄，血管翳伸入基质变薄区，内侧缘呈灰白色线状隆起。