心血管神经官能症的治疗以心理治疗为主，药物治疗为辅。首先应倾听病史，了解可能的发病原因和有关因素，进行仔细的体格检查和必要的实验室检查，解除病人疑虑。然后通俗易懂的讲解疾病性质，可以用一些暗示性语言帮助病人解除顾虑，鼓励病人调整心态，安排好作息时间，适量进行文娱、旅游和体育活动。

无论心血管神经官能症还是器质性心血管病合并精神心理问题的提倡双心医学的治疗模式，在积极合理治疗合并的心血管器质性疾病，同时焦虑症状明显的病人可选用抗焦虑药物，带有抑郁的病人可选用三环类抗抑郁药。目前认为选择性5羟色胺再摄取抑制剂对心血管副作用较小，安全性高于三环类抗抑郁药，但该类药物起效较慢，一般两周开始起效，可以考虑作为带有抑郁病人的首选，同时应该多考虑进行精神心理行为治疗，如心理疏导，行为纠正，生物反馈治疗等。