三种急性结膜炎常见的是流行性出血性结膜炎、急性卡他性结膜炎、流行性角结膜炎，需要互相鉴别。

流行性出血性结膜炎，是由微小RNA病毒感染引起的，潜伏期在24小时左右，表现为明显的异物感、怕光、流泪、眼痛、有黏性分泌物，视力一般无影响，肉眼观察角膜正常，荧光素染色结合裂隙灯检查有时可见细点状上皮脱落，结膜刮片可见单核细胞，病程一般7到10天，抗生素治疗无效，但可防止继发感染。

急性卡他性结膜炎是细菌感染引起的，潜伏期一到两天，有轻度的异物感，大量黏液脓性分泌物，轻微怕光、流泪，但无眼痛、视力不受影响。严重感染，可引起角膜边缘的浸润，结膜刮片可见多形核白细胞，病程一般5到7天，抗生素治疗有效。流行性角结膜炎是由腺病毒感染引起的，潜伏期5到12天，有明显的异物感，怕光流泪、眼痛、视力可有减退、经常有角膜病变。在起病7到10天，出现圆形角膜上皮下的浸润，结膜刮片可见单核细胞，角膜病变可持续数月甚至数年，抗生素治疗无效，但可防止继发感染。