1、流脓：自外口反复流出，少量脓性分泌物或者粪水污染内裤，分泌物时多时少，有时有粪便及气体排出。

2、瘙痒：由于分泌物对皮肤刺激，可以引起局部皮肤瘙痒，严重者皮肤发生湿疹样改变。

3、疼痛：如果瘘管引流通畅，一般不会出现疼痛。当外口暂时封闭，污染物不断从内口流入，形成脓液时，局部会出现红肿、疼痛、压痛等再次脓肿的表现。

4、全身症状：任何因素造成的外口引流不畅，均可造成局部急性炎症发作。有的患者还有发热、寒战、乏力等全身症状。肛瘘在不同时期表现也有所不同。如果引流通畅，分泌物少，患者可没有任何症状或者仅感轻微不适。如果外口封闭，脓液积存，那么可表现为红肿痛等炎症的表现。由于炎症浸润，封闭的外口可再次破溃排出脓液或者脓液穿透临近的皮肤而流出，形成新的外口。脓液排出后症状消失，如此反复发作，可形成多个外口及数条支管，支管可互相沟通，肛周损害加重。