永存动脉干是严重型致命性心血管畸形之一，预后极差，如不及时治疗，约有75%的患者在一岁以内死亡。延误手术时间，病情将很快发展成肺动脉高压、肺血管梗塞，而失去手术的机会。并且常合并其它的畸形，使得本病的治疗更加困难，合并的其它畸形有动脉导管未闭、左上腔静脉、完全性肺静脉异位连接、房间隔缺损、单心室、单心房以及主动脉弓中断等。