有肠道菌群失调的时候，会容易引起腹泻，多数情况下，会黄绿色水样的大便，腹泻的次数比较多，严重的时候，会容易导致脱水，在这期间会伴随有恶心、呕吐的现象，会容易导致电解质紊乱。严重的时候会容易导致血尿素氮升高，容易引发肾衰、血压下降，会导致休克的发生。

还有一部分患者在肠道菌群失调的时候，会容易引发鹅口疮，鹅口疮属于是霉菌性的感染，还有部分患者会容易导致泌尿道的感染，或者是有肠道霉菌性的改变，导致体质功能下降，并发营养不良，导致食物中毒，或者是引发糖尿病一些慢性的消耗性疾病。