肠道菌群失调需要和慢性的肠炎、急性的肠炎这一类疾病相区分。如果有菌群失调的时候，常会伴随有泡沫一样的大便，大便为绿色，主要是消化不良的表现。如果做大便常规的检查的时候，检测不到白细胞或者是脓细胞，如果是有细菌感染性肠炎引起来的疾病，会检测到有细菌感染，有白细胞或者脓细胞这一类的状况。

在症状方面肠道菌群失调的时候，多数会出现有腹泻或者是便秘交替出现，如果有细菌性的肠炎，只是会出现腹泻的症状比较严重，不会有便秘的症状的发生。