对于脑干梗塞的患者来说，往往容易引起多种并发症。对于脑部来讲，有可能会导致出现中枢性高热的情况。一旦出现这样的情况，确诊为中枢性热，体温高于38.5度。建议应该给予患者立即采用物理降温的方式，来帮助降低体温。

当体温持续在39度以上，除使用冰毯或者是温水酒精擦浴等物理降温。当超过40度时，应该让患者头枕冰袋并且使用人工冬眠，配合口服或者胃管注入降温药物来帮助调节体温。其次对于脑干梗塞的患者还容易并发有肺部感染。脑干梗塞的病人，由于长期卧床咽部肌肉麻痹所容易引起误吸，容易合并有肺部感染的问题。

因此需要注意保持呼吸道通畅，做好口腔护理，加强翻身叩背。如果患者短时间之内，意识无法恢复清醒，应该给予患者早期行气管切开术，利于痰液的排出。

此外部分脑干梗塞的病人合并有泌尿系感染，应该给予患者留置尿管，做尿道口护理。