蚕食性角膜溃疡主要和金黄色葡萄球菌性边缘性角膜炎进行鉴别，患者眼部刺激症状轻度，无剧烈眼痛，角膜周边的斑点状浸润与角膜缘之间有一到两毫米的透明区，平行于角膜缘发展，不向角膜中央发展。

合并有全身结缔组织或胶原血管性疾病的周边性角膜溃疡，患者合并有类风湿性关节炎、肉芽肿、复发性多软骨炎或结节性多动脉炎等，周边角膜溃疡表现类似于蚕食性角膜溃疡，但病变侵犯巩膜。神经麻痹性角膜炎需要和感染性角膜病变鉴别，本病眼部刺激症状较轻，角膜体征主要为上皮脱落缺损，而无炎症性角膜浸润，还有角膜营养不良需要和单疱病毒性角膜炎进行鉴别，以及角膜基质炎进行鉴别等等。