感染性急性小管间质性肾炎的治疗包括针对可疑病原体给予积极的抗感染治疗以及支持治疗。对于重症患者，呈少尿或无尿性急性肾损伤表现或伴有多脏器功能衰竭的患者，应按急性肾损伤治疗原则给予肾脏替代治疗。而对于此类患者要积极控制感染，关于是否应用小剂量激素仍有争议。多数感染相关性急性间质性肾小管肾炎患者经积极、及时的抗感染以及支持治疗后肾功能可得到完全恢复或部分缓解，通常远期预后良好。而部分患者因感染较重或治疗不及时，可以发展成慢性肾功能不全。

少数高龄或重症患者可死于全身感染，败血症或急性肾损伤的并发症。