扁平疣的主要鉴别诊断疾病是扁平苔癣。扁平苔癣是一种特发性炎症性的皮肤病，典型的皮损为多角形的紫红色的扁平丘疹，主要是好发生于四肢的屈侧，粘膜也可以受累，病程是比较慢的。它的病因，是尚不清楚的，其中细胞免疫具有一定的相关性。

部分患者还可以合并一些自身免疫性的疾病，比如说白癜风或者是桥本氏甲状腺炎这样一些疾病。扁平苔癣的主要临床表现为高起的紫红色扁平丘疹，大小是米粒样到绿豆样的大小。形状是多角形的或者是圆形，界限是清楚的，它的表面有蜡样的薄膜，可以看见白色的光泽小点或者是细浅白色网状条纹，这种白色的网状条纹是扁平苔癣的特征性的皮损。皮损可以集合成片或者是融合成斑块，急性期也是可以出现同形反应。经常可以伴有瘙痒不适。扁平苔癣也可以累及口腔颊黏膜，成白色的网状条纹，可以融合增大或者是出现糜烂。它的确诊主要依据组织病理学检查。可以应用一些物理治疗，比如说UVB的照射。

以上对扁平苔癣做出的一些简单介绍，扁平苔癣就是与扁平疣的主要的鉴别疾病。谢谢您的聆听。