对于肾盂肿瘤和输尿管肿瘤治疗上都是以手术为主，放化疗以及其他免疫治疗为辅。

首先在疾病发现的早期，如肾盂肿瘤或者输尿管肿瘤，那么都应该首选手术治疗。手术治疗是将发病那一侧的肾脏输尿管连同输尿管壁内段都需要进行手术切除，也就是半尿路手术。对于尿路上皮癌，这是标准的治疗方案。

但是对于部分患者，特别是孤立肾患者，如果发生肾盂小的恶性肿瘤以及小的输尿管肿瘤。可以进行冷冻消融，只将肿瘤进行局部切除或者消灭，而并非进行大型的半尿路手术，对于肾脏功能的保护有良好的效果。但是术后患者需要进行定期的复查，以防止肿瘤复发。如果患者肾盂肿瘤或者输尿管肿瘤出现远处转移或者无法进行手术，那么需要进行化疗来延长患者的生存时间。