对于肾皮质脓肿主要是同其他肾占位性病变相鉴别，而主要是肾脏恶性肿瘤、肾脏良性肿瘤和肾囊肿相鉴别。

肾脏恶性肿瘤属于肾脏实质性占位，对于此类患者可以通过CT以助于鉴别。因为CT在脓肿和肾脏实性占位表现是不一样的，脓肿都是有液性暗区，而对于肾脏恶性肿瘤在增强CT时，肿瘤会呈现强化，因此可以通过影像学检查。一旦判断恶性肿瘤，必须及时进行手术治疗。而对于肾脏良性肿瘤也是实质性占位，也可以进行泌尿系彩超或者CT的判断，有助于鉴别诊断。

肾脏良性肿瘤暂时可以观察，不需要及时进行手术治疗。而对于肾囊肿也是属于肾脏常见的良性占位性病变，同肾脓肿一样，都是有液性暗区。但是囊肿一般清亮，而且没有疼痛、发热等全身系统性表现；脓肿主要是由于炎症、细菌性感染，通过CT、B超有助于鉴别以及进行穿刺。可以进行细菌培养，更加得到明确的诊断，一旦诊断肾脓肿，必须及时使用抗生素对症治疗。