对于前列腺脓肿鉴别主要是同三种疾病相鉴别诊断：

一、急性前列腺炎，

二、直肠周围的脓肿，

三、前列腺囊肿。

对于急性前列腺炎，患者也会存在发热以及前列腺部位的疼痛等感觉，但是通过影像学检查，如前列腺彩超或者前列腺CT并不会看到前列腺部位存在液性暗区脓肿的表现，这是其最主要的区别。对于直肠周围的脓肿，在经过影像学检查也会看到有液性暗区，但是并非位于前列腺部位。因此前列腺的脓肿，首先脓肿要在前列腺当中。

同时进行尿常规以及尿培养会发现有白细胞阳性及细菌感染存在，而直肠周围脓肿一般通过尿常规检查是阴性的。对于前列腺囊肿主要是前列腺部位的良性非感染性疾病，与前列腺脓肿并非一样。脓肿首先是细菌感染引起的炎症性病变，通过患者的病史以及影像学检查有助于鉴别诊断，前列腺囊肿对前列腺本身和患者身体健康不会有任何影响，也不会引起发热、寒战以及前列腺部位的疼痛，但是脓肿会引起患者典型的症状和临床表现。