疾病的预防主要是针对病因的预防。

由于脊髓亚急性联合变性是维生素B12缺乏所引起的神经系统变性疾病，纠正或治疗导致维生素B12缺乏的原发病因和疾病是预防的关键。如改善膳食结构，纠正营养不良，多进食含维生素B族的食物，如粗食、蔬菜和动物肝脏，并应戒酒；尽快治疗胃炎、肠炎等可导致吸收障碍的疾病。