肾周脓肿并发症主要有两方面，一是全身系统并发症，二是局部并发症。

对于全身系统主要是肾周脓肿、破溃进行性进展，从而细菌进入到血液循环当中，导致全身败血症或者脓毒血症等严重感染情况，会使患者存在寒战、高热甚至感染性休克的表现。因此必须积极治疗。

而另一方面是对于局部的损害，肾周脓肿会导致周围脂肪和其他组织器官粘连，并且对肾脏有侵蚀破坏，会导致肾脏感染，同时引起肾功能损失。如果没有进行控制，而导致慢性反复发作的感染，会影响肾脏功能，最后导致无功能肾，因此，对于肾周脓肿必须积极去泌尿外科进行治疗。