该疾病需要与病毒性脑膜炎、结核性脑膜炎和真菌性脑膜炎相鉴别。当脑脊液糖含量降低，乳酸、乳酸脱氢酶含量增高和pH值降低时，可与病毒性脑膜炎相鉴别。脑脊液白细胞总数增多，中性多形核粒细胞占绝对优势时，可以与结核性脑膜炎或真菌性脑膜炎鉴别。有时临床表现不典型或者因不规范应用抗生素，迁延成慢性化脓性脑膜炎时，使脑膜炎的鉴别诊断也变得十分困难。