流行性出血热鉴别诊断需要与ANCA相关性小血管炎相鉴别。ANCA相关性小血管炎可有发热、急性肾损伤、结膜充血和多系统受累，但一般无血小板减少。

此外流行性出血热还需要与狼疮性肾炎相鉴别。狼疮性肾炎为多系统受累，可表现为发热、血小板减少、急性肾损伤。但急性肾损伤时肾活检免疫荧光为“满堂亮”。光镜可表现为弥漫性增生性狼疮性肾炎，也可合并新月体，血清抗核抗体等多种自身抗体阳性有助于鉴别。另外还需要与急性肾间质小管病相鉴别。特发性急性肾间质小管病又称为肾小管间质性肾炎-眼葡萄膜炎综合征，可表现为结膜充血、急性肾损伤。眼裂隙灯检查为眼色素膜炎，药物相关者多有相关用药史。上述患者可有低血钾和肾性糖尿等小管受累的证据，有皮疹、外周血嗜酸性粒细胞增高和非感染性的白细胞尿。肾活检可见包括嗜酸性细胞在内的炎细胞浸润。此外流行性出血热还需要与其他急性发热传染性疾病相鉴别。急性发热传染性疾病早期应与上呼吸道感染、败血症、伤寒、钩端螺旋体病等相区别。依靠本病典型的临床表现和独特的病期经过以及血清学的检测均有利于鉴别诊断。