流行性出血热潜伏期为4-46天，一般2周左右。典型病例的病程包括发热期、低血压休克期、少尿期、多尿期和恢复期五期。突出表现是发热、出血和肾损害。

一般在发热期患者起病多急骤，体温常在39-40度左右，以稽留热和弛张热多见，常持续3-7天。主要表现为全身中毒症状，毛细血管损伤以及肾损害。特征性的全身中毒症状表现为三痛，即头痛、眼眶痛、腰背痛。毛细血管损伤主要表现为三红，即颜面、颈部、上胸部处皮肤显著充血潮红，状如日晒，压之可退褪色，似酒醉貌。患者发热期过后会出现低血压休克期，常发生于病程的第4-6天，也可出现于发热期。轻者血压略有波动，持续时间短，重症患者可发生休克及DIC。第三期为少尿期，常发生于病程的第5-7天，患者出现少尿或无尿,患者会出现胃肠道症状、精神神经症状、出血症状最为严重，少数患者可有颅内及其他内脏出血。此期病死率最高，一半以上的患者死亡于该期。而患者可表现为典型的高分解型急性肾衰竭、充血性心力衰竭、抽搐、脑及肺水肿或急性呼吸功能衰竭等。本期可持续1-4天，重者可达一周。少尿期过后患者会进入多尿期，一般出现在病程的第9-14天，持续几天至几周，随着尿量的增多，大多数患者病情逐渐改善。而后就进入恢复期，一般持续2～3个月，患者尿量恢复至2000毫升以上。