流行性出血热的病因主要是感染汉坦病毒所导致的一个自然疫源性的疾病。

发病机制为汉坦病毒感染人体后，以毛细血管和小血管的内皮细胞为主要靶细胞。

主要病理基础为血管内皮屏障功能的破坏及病毒直接损害和免疫反应介导的毛细血管通透性增加。而本病导致肾损伤的机制主要包括血容量的减少从而导致肾脏供血障碍；肾脏免疫损伤；血浆外渗引起的肾脏间质水肿和出血以及低血压和弥散性血管内凝血导致的肾缺血坏死；还有肾素血管紧张素系统的过度激活以及肾小管管腔的堵塞均可导致流行性出血热的发生。