主要的检查方法有两种：

第一个是菌群的分析。也就是对肠道菌群呢进行定性及定量的检查。然后分析出来，肠道菌群的比例是否失调。

第二个就是结肠镜的检查。结肠镜下肠道菌群失调症的表现为肠粘膜呈弥漫性的充血水肿。血管分支呢模糊不清或消失。而且会有散在的糜烂、溃疡及出血，可见黄色假膜。