原发性肝癌起病比较隐匿。早期缺乏典型的症状。大多数是在体检中或者做某些检查而发现该病。此时病人既无任何症状，体格检查也缺乏肿瘤本身的体征。这个时期称之为亚临床肝癌。

一旦出现症状而来就诊者，其病程大多已经进入了中晚期。中晚期肝癌最常见的临床表现有上腹部巨块或者多结节肿块，肝区疼痛，消化道症状。消化道症状有食欲不振，消化不良，恶心呕吐和腹泻、腹胀或者便秘。也可出现全身症状，如乏力，消瘦、全身衰竭、发热。如果肿瘤有转移，则会出现转移之处，有相应的症状。如转移至肺可引起咳嗽、痰血。转移到胸膜可引起胸痛和血性胸水。如果转移到骨可表现为骨痛，最长累及椎骨，肋骨、四肢长骨等。