本病主要是由感染引起的。多数是以病毒感染为主。其中最主要的就是柯萨奇病毒。这个病毒容易引起小儿肠道感染手足口病。所以往往有肠道病毒感染或者是手足口病的患儿，都需要常规检测心肌酶。查看是否是存在心肌损伤的情况。明确诊断及早处理。

常见的感染途径，有肠道感染和胎盘感染。新生儿往往都是通过胎盘感染的。

本病的发病机制不清楚。一般认为发病早期是由于病原体侵犯心肌所致。如能在此时及时终止感染病变，可完全愈合而不留疤痕。发病晚期病原都不活动，而免疫机制成为重要的因素。心肌炎是心肌细胞缺血缺氧，组织超氧阴离子产生增加，机体清除自由基能力下降。

导致心肌病变，还容易导致心律失常。同时，其代谢产物直至过氧化物，又加重对心血管的损伤。 从外观来看，心脏扩大、心悸软弱无力。心肌有淋巴细胞、大单核细胞、嗜酸性粒细胞等浸润。后期较为严重的心肌纤维组织局限性坏死就往往形成不可逆性的损伤。严重的损伤到了宝宝的心脏功能。