功能性胃肠病的诊断鉴别主要是排除性诊断。根据患者的临床表现再结合实验室检查、影像学检查等来排除器质性疾病。

消化性功能不良可以通过内镜检查来鉴别是否是胃十二指肠溃疡、糜烂、肿瘤等器质性病变。

肠易激综合征，以腹痛为主的肠易激综合征可以于引起腹痛的疾病相鉴别。以腹泻为主的，应于引起腹泻的疾病相鉴别。以便秘为主的应于引起便秘的疾病相鉴别。