单纯性肾囊肿在临床上需要与肾恶性肿瘤相鉴别。鉴别的要点需借助B超、CT、肾动脉造影以及囊液化验等等。主要将单纯性肾囊肿与肿瘤性肾囊肿区分开来。单纯性肾囊肿在B超上呈圆形液性暗区壁薄,后壁回声增强，而肿瘤性肾囊肿囊壁不规则，囊内瘤区有回声，后壁无回声增强。

在CT上,单纯性肾囊肿呈圆形低密度区,可有囊周钙化线，囊肿与肾实质界面光滑，边界清楚锐利，而肿瘤性肾囊肿有钙化，多呈中央区钙化，常不完全具备单纯性肾囊肿的CT表现，而在肾动脉造影上,单纯性肾囊肿呈圆形无血管空白区，周围血管则受压，而恶性囊肿可见到肿瘤血管丰富，并有造影剂在静脉窦中浓聚形成斑状阴影。

此外，如果患者有多个囊肿同时还需要与多囊肾病相鉴别。如果患者无家族史且囊肿数目容易计数，则一般不是多囊肾，而是单纯性肾囊肿。