当怀疑女性患有肠子宫内膜异位症的时候，首先应该做常规的体格检查。一般来说，在腹部有压痛点，压痛点最剧烈的部位，常常是女性病变的所在。部分女性可以触及腹部的包块。 有的时候做直肠指诊，可以触摸到比较光滑。有触痛的长批肿块。此外也可以做腹部的B超，钡餐造影、CT等检查。也可以做结肠镜，直肠镜并且在病变的部位取活组织检查，可以排除恶性病变的可能。