侏儒症发病原因有原发性以及继发性。

原发性和遗传有关系，包括激素异常或者受体异常，也包括于垂体发育有关的基因缺陷。特发性的垂体性侏儒症，下丘脑功能异常神经递质神经基础信号传导途径缺陷，发育异常，比如垂体发育不良。

继发性的垂体性侏儒症，比如下丘脑肿瘤、垂体肿瘤、颅内其他的肿瘤，比颅咽管瘤、神经纤维瘤、错构瘤。下丘脑垂体，肿瘤放疗以后也有可能会导致垂体性侏儒症。

头部的创伤、产伤、手术损伤等也有可能会引发垂体性侏儒症。