最常见的并发症是呼吸衰竭，休克以及急性肾脏衰竭和多器官衰竭，需要抗生素治疗才能恢复，而且通常在数周或数月之后才能完全恢复，偶尔会出现严重渐进性肺炎或肺炎治疗无效，在极少数情况下还可发生大脑后遗症。

军团病造成的死亡率取决于：疾病的严重程度，最初抗微生物治疗的适宜性，此外还可并发腹膜和胰腺炎，肺梗死，脑水肿等。